2000年3月国务院学位委员会和教育部成立了第一届全国兽医专业学位研究生教育指导委员会，教指委成立暨第一次会议于2000年6月15日在南京农业大学召开。第二届、第三届、第四届全国兽医专业学位研究生教育指导委员会分别成立于2004年、2010年和2016年。

在国务院学位委员会、教育部的领导下，全国兽医专业学位研究生教育指导委员会在指导、协调全国兽医专业学位研究生教育活动，监督兽医专业学位研究生教育质量，推动兽医专业学位研究生培养单位和兽医、动物检疫系统及相关管理部门的联系与协作，指导和开展兽医专业学位研究生教育的学术交流活动，促进我国兽医专业学位教育的不断完善和发展等方面，开展了一系列卓有成效的活动，对我国兽医专业学位研究生教育的建立和发展发挥了重要作用。